Medycyna obliczeniowa to nowe narzędzie do badania rzadkich chorób o podłożu genetycznym

Kopie numerów kopii (CNV) są Typowe zmiany genomowe, które mogą przyczynić się do rozwoju choroby. CNV to zmiany w ilości DNA obecnego w ludzkim genomie, które mogą obejmować delecje lub duplikacje segmentów DNA zawierających jeden lub więcej genów. Zmiany te mogą wpływać na ekspresję poszczególnych genów lub całych regionów genomu, co może wpływać na ryzyko rozwoju choroby i może być przyczyną wielu rzadkich chorób. Na przykład wykazano, że CNV przyczyniają się do rozwoju chorób, takich jak zespół Williamsa lub zespół Pradera-Williego. Ponad 12% przypadków zaburzeń neurorozwojowych można wytłumaczyć CNV. Mimo to rozmieszczenie CNV w populacji nadal nie jest dobrze poznane.

12% przypadków zaburzeń neurorozwojowych wynika z tych zmian

Znajomość różnorodności genetycznej, zwłaszcza na poziomie populacji lokalnej, jest czynnikiem krytycznym Rozróżnij czynniki chorobotwórcze i niepatogenne w odkrywaniu nowych wariantów choroby. Aby przyczynić się do tej wiedzy, The Platforma medycyny obliczeniowej Fundación Progreso y SaluD zachęcał do tworzenia Hiszpański serwer współpracujący z korektami liczby kopii (Spanacs)który obecnie zawiera pliki Skopiuj profile zmienności liczbowej uzyskane z ponad 400 genomów i egzomów osobników hiszpańskich. Nie powiązane. Według Joaquína Dopazo, dyrektora platformy medycyny obliczeniowej w Fundación Progreso y Salud: „Ważne jest, abyśmy lokalna baza danych Ponieważ kiedy idzie się szukać polimorfizmów, duże bazy danych międzynarodowych badań genetycznych zwykle nie zawierają dużej liczby hiszpańskich populacji”. „Kiedy przeprowadziliśmy pierwsze badanie, Odkryliśmy, że w populacji hiszpańskiej jest ponad 12 000 SNP, które nie są uwzględnione w bazach danych.. Jest to problem, jeśli chodzi o odkrywanie genów związanych z chorobą.

Jak wyjaśnia ekspert: „Kiedy dana osoba ma fragment chromosomu, który został zduplikowany, potrojony lub utracony w wyniku delecji, powoduje to odchylenia w sposobie ekspresji genów”. Ocena tych modyfikacji jest zwykle bardzo złożona. Dzięki tej inicjatywie osiągnęliśmy Ocena zmienności genetycznej na poziomie zmienności polimorfizmów liczby kopii w populacji hiszpańskiej”.

Poprzez wspólny wysiłek Crowdsourcing Dane sekwencjonowania egzomu i całego genomu są gromadzone i produkowane w sposób ciągły Lokalne projekty genomu i do innych celów. Po zweryfikowaniu zarówno pochodzenia latynoskiego, jak i braku pokrewieństwa z innymi osobami w Spanacs, CNV dla tych sekwencji są wywnioskowane i wykorzystane do wypełnienia bazy danych.

„We wszystkich tych chorobach o podłożu genetycznym około 50% wszystkich pacjentów, których spotykamy, ma już znaną mutację. A ta nieznana połowa doprowadzi nas do zauważenia większej liczby mutacji liczby kopii, które nie zostały jeszcze wykryte, ponieważ nie można ich wykryć. „Dobra robota, teraz mamy możliwość porównania odniesienia do populacji hiszpańskiej” — wyjaśnia Dopazo. Prezentacja tego projektu, jego możliwości i wniosków była pierwszą Opublikowano w marcu ubiegłego roku w czasopiśmie Nauka o ludzkim genomie.

Potencjalne wykorzystanie danych

Aby wykorzystać informacje z tej bazy danych, interfejs sieciowy umożliwia odwoływanie się do jej zawartości za pomocą różnych filtrów, które obejmują wyższe kategorie ICD 10, ICD. Umożliwia to wykluczenie próbek z badanej choroby i uzyskanie pseudokontrolnych profili CNV lokalnej populacji. Rozwój tego projektu umożliwił dodatkowe badania nad lokalnym wpływem zmian liczby kopii na niektóre fenotypy. I na wariantach farmakogenomicznych. Rozwój Spanacs opierał się na wkładzie kilku ośrodków badawczych w Hiszpanii, ze szczególnym udziałem Program niezdiagnozowanych chorób (ENOD) przyłączać Ciberer Sieć centrów badań biomedycznych chorób rzadkich i Program Survivor Centrum Badań Biomedycznych Nawarry.